Dois anos após os eventos da quarta Grande Guerra Ninja, a lua está iniciando uma trajetória de colisão com a Terra. A contagem regressiva para a sobrevivência do planeta começa! Em meio ao caos, a irmã mais nova de Hinata, Hanabi, é capturada pelo misterioso inimigo Toneri Otsutsuki. Naruto deve superar grandes perigos em uma missão para salvar Hanabi e o mundo, juntamente com Hinata, Sai, Shikamaru e Sakura.